Mesane, idrar depolamaktan sorumlu bir organdır. Böbrekler, kandaki atılması gereken suyu ve maddeleri ayıklayarak günde 1,5-2 litreye yakın idrar oluşturur. Bu idrar, böbreklerden mesaneye "üreter" adı verilen iki dar tüp aracılığıyla taşınır. Mesane, yaklaşık 400 cc idrar depolayabilir ve bu hacmin yarısına yaklaşıldığında idrar yapma isteği ortaya çıkar. Mesane, kapasitesinin çok üzerinde idrarı gerilerek depolayabilir, ancak bu durum ağrıya neden olur. İdrar yapma olayı, sfinkter adı verilen ve mesane tabanında dairesel olarak yerleşen adale tarafından kontrol edilir. Sfinkter, normalde idrar akımını durduran ve idrar kaçmasını engelleyen bir yapıdır. Sfinkter, balonun ucundaki bağa benzer ve genelde kapalıdır, böylece idrar kaçırma engellenir. Mesanedeki idrar, vücut dışına "üretra" adı verilen küçük bir tüple atılır. Üretra, erkekte penis içinde seyreder ve ucundan açılır, kadında ise daha kısadır ve vajinanın yukarısına açılır.

Sağlıklı bir mesanenin içi sterildir ve bakteri barındırmaz. Ancak bağırsaklarda, deride, anüs ve vajina bölgesinde bakteriler bulunur. Bu bakteriler bazen bu bölgelerden üriner sisteme geçerek, yukarıya doğru ilerleyip mesaneye ulaşabilirler. Normalde mesane, bu bakterilerden kendini koruyabilir ve idrar yoluyla atabilir. Ancak bu bakteriler mesanede kalır ve çoğalırsa enfeksiyona neden olur. Enfeksiyon, mesane dokusunda kızarıklığa, şişmeye ve ağrıya yol açar. Bu tip enfeksiyonlarda mesane dolu olmadan dolu gibi hissedilir, sık idrar çıkma isteği, tuvalete yetişememe ve idrar kaçırma durumları görülebilir. Genellikle halsizlik de görülür. Bunun yanında ateş ve titreme varsa, enfeksiyonun böbreklere ulaştığı düşünülmelidir ve acil müdahale gerektirir. Bu tip böbrek enfeksiyonu, böbreği tahrip edebilir ve enfeksiyon kana yayılırsa hayati tehlike oluşturabilir. Üriner enfeksiyonlar, genellikle antibiyotiklerle tedavi edilir.

İnterstisyel sistit, mesane bölgesinde ağrılı olup, sistit benzeri bulgularla ortaya çıkar. Ancak burada hiçbir bakterinin rolü yoktur. Gerçekte sebebi bilinmemektedir. İnterstisyel sistit, kadınlarda erkeklerden 10 kat daha fazla görülür. İnterstisyel sistitin başlangıcında ciddi inflamasyon ağrıya yol açar. İnflamasyon ilerledikçe, mesane duvarının normal yapısı yerine nedbe dokusu alır ve mesane giderek küçülür. Üroloji uzmanına gidildiğinde, enfeksiyon ve diğer anormal durumlar yoksa, üroloji uzmanı sistoskop denilen özel bir teleskopla mesane içini görmek isteyecektir. Bu işlem genel anestezi ile yapılmaktadır. Bu hastalık, ağızdan alınan veya mesane içine verilen ilaçlarla tedavi edilebilir.

Hiperaktif mesane, istem dışı kasılmaların olduğu bir durumdur. Bu durumda kişi, idrar kaçırma ve acilen tuvalete gitme isteği duyar.